Image J是由National Institutes of Health（NIH）开发的基于java的免费开源软件，用于处理和分析图像。在生物及医学图像分析中起着非常重要的作用。

很多科研人员都是用它来处理图片数据的。但很不幸的是，这款软件对于小白来说，并不容易上手。

想想还有大量的图像要分析，so不学也得学。先从软件安装开始，下载地址直接百度ImageJ进官网，点击Downloads，进入界面选择你需要的版本。可下载的副本适用于Windows，Linux和Mac OSX。

下载后直接解压安装就行，so easy~

打开之后的界面就是介个样子啦~

震惊！这些ICON都是什么鬼！莫慌~ 小编第一次打开的时候也想直接关掉，但是学习这个东西吧，学一学总是会的。

第一步，当然是查看官方帮助文档。入口在这里：

当然，帮助文档链接是全英文的，语言障碍这种小问题就自行解决吧~

Image J是一个基于java的公共图像处理软件，具备多种图像处理和分析功能，支持图像栈（stack）功能，即可在一个窗口里以多线程的形式层叠多个图像，同时并行处理，在医学影像学诊断领域的应用非常广泛。

同时，Image J是一个开放结构的软件，通过使用宏和插件，用户可以自动执行任务并创建自定义工具来完成许多常规的图像处理和编辑任务。ImageJ打开以下文件格式：TIFF（默认格式）、JPEG、PNG、GIF、BMP、DICOM、PGM和FITS。借助插件可以打开其他格式。

ImageJ是一个多功能软件，在生物医学领域主要应用于Western blot(蛋白印迹)的定量分析、细胞计数、免疫组化分析、Sholl 分析、傅里叶分析、定性表达共定位、三维图像的共定位、矩形范围内荧光强度变化...

现就ImageJ在Western blot(蛋白印迹)的定量分析、细胞计数、免疫组化分析中的应用进行阐述分析。

1、Image J软件分析蛋白相对表达量（Western blot）。

首先，打开图片：

选择矩形工具，并且选择要分析的条带区域：

通过选择 Analyze -- Gels -- Select First Lane，看到选择区出现1/2/3/4:

通过Ctrl+3或选择 Analyze--Gels--Plot Lanes，出现对应峰图。每个峰的面积代表一条带的灰度值。使用直线工具，将每个峰连成封闭。

首先，激活直线工具，然后在峰图窗口中利用直线将两个峰之间的谷底画一条线到底部，这样就形成了一个封闭的单峰了。（注意，直线一定要连接着峰的谷底，另外，在画线时候，我们可以按住shift，这样线就是垂直的了）。

使用魔棒工具，点击每个峰内部，弹出面积结果窗口，并保存。黄色的框框面积大小即代表胶图中每个条带的蛋白量的多少：

最后得出的数据与条带的顺序一致，计算出每个数据与相应的内参蛋白数据的比例，即为每个蛋白的相对表达量。当然，避免不了重复操作的问题（一般为3次重复），这样能尽量减少由于操作带来的误差。

2、Image J软件在细胞计数中的应用

确定图像中有多少个细胞是图像分析中的常见需求，而ImageJ可以很好的解决这个问题。基于ImageJ软件进行细胞计数（需要插件）。

1）首先，您必须安装Cell Counter插件，该插件可在~ImageJ—plugins—1 analysis下的显微镜服务器上使用。要安装插件（plugins），请将整个“1 analysis”文件夹复制到计算机上ImageJ文件夹中的plugins文件夹中。安装插件后，必须在包含Cell Counter插件的1 analysis文件夹中重新启动ImageJ才能显示在插件菜单下。

2）打开要计算的图像。单元格计数器仅适用于单个图像，而不适用于栈（stacks）。 您可以使用图像—栈—栈到图像，将.tiff栈或.stk转换为单个.tif文件。

3）选择插件—1分析—细胞计数（或插件—细胞计数）。将打开两个新窗口，一个计数窗口，其中您的图像位于一行按钮的顶部，以及一个结果窗口，其中单元格将相互关联。

4）要开始计数，请单击计数窗口底部的其中一个按钮。 然后直接单击要计数的单元格/对象。在对象上留下白色方块，并在结果窗口中开始计数。

5）完成计数后，单击“结果”按钮。您将获得每个单元格类型的总计以及“结果”窗口底部所有单击的总计。结果日志可以复制并粘贴和/或保存为.xls Excel电子表格。图像保存方法为：在ImageJ中使用文件  à新建  à系统剪贴板（Cntl + Shift + V）打开它并将其保存为.tif或.jpg文件。

3、Image J软件在免疫组化中的应用

ImageJ是定量免疫组化分析的有效软件。为了使用ImageJ评估免疫组化载玻片，将图像捕获到工作站计算机的硬盘驱动器上。此后，在NIH Image/ImageJ中打开捕获的图像，用于评估免疫组化载玻片上的阳性指数以及荧光图像。

如果研究人员希望计算染色或发荧光的细胞图谱，可以通过点击鼠标将不同颜色的标记放在正核和负核上，直接从屏幕计算这些。然后ImageJ将自动生成免疫组化指数。

以下信息基于奥克兰大学提供的指南。需要打开图像，然后应用以下步骤：

1）选择“图像调整阈值”。可以选择自动设置或手动移动滑块，直到选择了所有染色区域。显示直方图以提供帮助。

2）选择“深色背景”作为荧光。

3）单击“设置”以设置图像的阈值。

4）选择“Analyze-Set Measurements”并选择要测量的参数。确保选择所有灰度级测量。还应选择“限制阈值”选项，否则将测量整个图像，而不是选定的区域。

5）选择“分析-测量”。将出现结果表，然后可以保存。“Analyze-Analyze Particles”可用于测量各个特征配置文件。

选择偏差问题

为了检查特定器官，组织或细胞类型，应选择显微切片以提供整个样品的代表性样品。选择特定样本或部分未能提供平等的分析机会，并忽略了区域异质性的影响。这导致了有偏见的结论。应使用包括所有区域的采样方案以避免选择偏差。

希望今天的分享对大家有所帮助。

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